Descripción

El objetivo de este proyecto es la comparación del transcriptoma de varias muestras de RNA humano mediante el uso de la tecnología de Microarray utilizando la plataforma Codelink^®.

Capacidades y Recursos

• Instrumental para el manejo de RNA y DNA
• Instrumental para el marcaje e hibridación de microarrays de DNA
• Instrumental para el scaneo de microarrays
• Software para el análisis de microarrays
• Personal cualificado

Normativa y Procedimientos Aplicables

• Preparación de las muestras.
• Cuantificación y evaluación de la calidad del RNA
• Retrotranscripción del RNA mensajero añadiendo secuencias del promotor de la T7 RNA polimerasa.
• Transcripción in vitro del cDNA anterior incluyendo nucleótidos marcados con Biotina
• Hibridación del cRNA marcado con microarrays de DNA a genoma completo de la plataforma Codelink^®
• Revelado de las muestras con Streptavidina fluorescente
• Adquisición y cuantificación de la fluorescencia
• Análisis bioinformático incluyendo Normalización y comparación de los microarrays
• Elaboración de un informe que contenga los genes diferencialmente expresados.

Otros Datos de Interés

• Necesitamos al menos 1µg de mRNA (eucariotas) preferiblemente a una concentración de 100ng/l.
• Recomendamos cuantificar el RNA por fluorescencia (tipo Qubit).
• Antes de enviar la muestra, enviar por email:
  • Datos de la muestra, indicando el volumen que se tiene. Indicar los microgramos de RNA total de partida en el caso de que envíen RNApolyA ó ribosomal-depleted RNA .
  • Datos de espectrofotómetro: concentración, A260 (valor y curva), A280, A230.
  • Datos de concentración por fluorescencia (si se ha realizado).
  • Gráficos del Bioanalyzer. Si no se dispone del equipo, foto de electroforesis en agarosa con marcador de pesos moleculares de concentración conocida. Indicar el volumen de muestra cargado.
• Para evitar pérdida de la calidad/cantidad de la muestra durante su envío, deben enviar la muestra en hielo seco. Tomar la precaución de rotular los tubos de forma que a su llegada se pueda identificar la muestra sin problemas y taparlos con parafilm. Para evitar roturas, introducir los tubos en otro recipiente que evite el contacto directo del tubo con el hielo. Manipular las muestras en condiciones RNAsa-free. La muestra de RNA polyA o ribosomal-depletec debe venir acompañada de una alícuota(5ng/µl, 5µl) del RNA total de partida.
• Copia firmada y sellada del presupuesto.

Tarifas

Contacto

Francisco García Cózar

tel. (+34) 956 015 316 / 956 015 902 / 956 005 579

curro.garcia@uca.es

Edificio

Campus de Cádiz

C/ Dr. Marañón,3

11002 | Cádiz